새누리당은 당시 청와대 비서실장이었던 민주당 문재인 후보의 해명을 요구하며 민주당을 공격했다. 하지만 민주통합당과 노무현재단은 "폐기 지시는 사실무근"이라며 반박했다.

새누리당 박근혜 후보는 이날 "저도 놀랐다. 그런일이 어떻게 있을 수 있나. 정말 있을수 없는 일이라고 생각한다"고 말했다. 새누리당은 긴급 최고위원회의를 열어 문 후보의 해명 요구와 함께, 기존에 당내 설치됐던 '민주당 정부의 영토 포기 진상특위'를 '민주당 정부의 영토 포기 및 역사 폐기 진상특위'로 확대키로 했다.

이정현 공보단장은 이날 브리핑에서 "문재인 후보가 당시 청와대 비서실장으로 노 전 대통령 주재 회의에 참석해 발언한 것으로 알려졌다"며 "문 후보는 전말을 국민 앞에 공개하고 어떤 경위와 내용으로 회의가 진행됐는지 공개할 것을 촉구한다"고 했다. 이 단장은 또 "노 전 대통령이 사초를 폐기하려 한 시도를 정말 했다면 이는 5000년 역사 최초의 역사 폐기 대통령이라는 비난을 면치 못할 것"이라고 했다.

반면 민주통합당은 이날 노무현 청와대의 대통령 기록물 파기 의혹에 대해 "사실무근"이라고 했다.

문재인 후보 측 선대위의 박광온 대변인은 수석비서관 회의에서 마치 기록물을 파기하도록 한 것처럼 오해를 받을 수 있는 보도가 나왔는데, 이는 전혀 사실과 다른 이야기"라며 "모든 국정 기록을 다 남기라는 것이 노무현 전 대통령의 평소 지시 내용이었다"고 했다.

이어 "당시 수석비서관 회의는 인터넷으로 생중계까지 됐고, 영상으로 다 촬영해서 넘겼다"고도 했다. 외부에 공개되고, '증거'까지 남는 회의에서 기록물 파기 지시나 논의가 있을 수 없다는 취지였다.

노무현재단도 성명을 내고, 수석비서관 회의 당시 노 전 대통령이 "(차기 정부에) 인계할 때 제목까지 없애고 넘겨줄 거냐, 그게 기술상 가능하냐는 문제도 있지요"라고 발언한 것에 대해 "차기 정부에 공개기록을 인계하는 과정에서 목록까지 공개해서는 안 되는 (대통령) 지정기록을 어떻게 처리할 것인가에 대한 말이었다"고 했다.