국토해양부는 관련기관 협의 및 철도산업위원회 심의를 거쳐 호남고속철도 광주송정~목포구간 노선을 직선신선으로 건설하는 대신 무안공항을 경유하는 노선으로 검토·추진하는 내용으로‘호남고속철도건설 기본계획 변경’을 확정·고시하였다.

2006.8월 확정된‘호남고속철도건설 기본계획’은 광주송정~목포구간을 직선으로 건설하는 것이었으나, 이구간 노선을 놓고 전남도, 나주시가 이견을 제시하여 그동안 갈등을 빚어 건설사업 추진에 지장을 초래하였다.

이에 국토해양부는 무안공항 경유노선에 대하여 타당성 조사를 2회 실시한 결과 경제적 타당성이 상대적으로 낮아 추진하기 곤란하다는 입장이였으며 반면에 전남도에서는 장래 무안공항 활성화, 제주해저터널 건설 등 여건을 감안하여 무안공항 경유노선을 지속적으로 요구하여 국토해양부와 전남도는 우선 광주송정~목포구간은 기존선을 활용하면서(당초 기본계획노선 폐지) 무안공항 활성화 등 여건성숙시 새로운 신선을 검토·추진하는 절충안에 합의하였다.

이에 따라, 호남고속철도는 오송~광주송정 구간은 당초대로 2014년 완공되어 광주까지 수서에서 86분, 용산에서 93분이 소요되어, 현재(159분)보다 약 1시간정도 단축될 예정이며, 광주송정~목포구간은 당초 직선 신선건설 13분에서 기존선 활용으로 32분이 소요될 전망이며, 무안공항 경유노선 신설시에는 16분이 소요될 것으로 전망된다. 

하지만, 고속철도는 막대한 재원이 소요되므로 건설부채를 적기에 상환하기 위해 부실운영·독점운영 등으로 문제를 안고 있는 코레일 보다는 제2사업자를 선정하여 효율적인 운영체계도 병행 구축해야 한다는 각계 지적이 나오고 있다.

현재 고속철도 건설을 담당하는 철도시설공단이 운영자 선정 지연으로 고속철도 차량제작과 역사 건설과정에서 운영자의 의견을 반영하지 못해 사업추진에 어려움이 생기게 될 뿐만 아니라, 고속철도 건설재원의 50% 이상을 부담한 철도시설공단으로서는 운영자 선정 지연으로 건설부채 상환이 불투명한 상황에서 이자부담까지 하면서 적극적인 선투자를 할 수 없게 된다는 것이다.

현재와 같이 코레일이 고속철도 운영을 독점할 경우, 운영효율이 낮아 선로사용료를 통해 투자비의 적정한 회수가 불가능하므로 고속철도 건설에 투자를 하면 할수록 철도시설공단의 부채는 눈덩이처럼 불어나기 때문이다. 

2011년 철도시설공단의 고속철도 건설부채는 약 14조원, 연간 이자만 4천4백억원 수준에 달함에도 불구하고, 코레일이 공단에 내는 “부채상환용 연간 선로임대료”는 약 1,000억원 수준에 불과해 부채 이자도 갚지 못하고 있는 상황이다.

정부 관계자는 “요금을 내리고, 철도부채를 해소하기 위해서도 경쟁도입은 필요하지만, 호남 고속철도를 적기에 개통하기 위해서도 수서發 경부·호남고속철도 경쟁 사업자를 조속히 선정할 필요가 있다”고 밝혔다.